Pederstrupgård var tilbage i 1600-tallet dobbeltgård med en gård der lå øst for denne. Gården havde ikke noget navn. Jorden blev delt, og den navnløse gård blev revet ned omkring år 1800. Fæsteren af dobbeltgården hed i 1671 Peder Larsen. Siden har gården haft mange forskellige fæstere og ejere.

Stenøkser og teater

I 1970erne og 80erne havde Ballerup Arkæologisk Forening, Friborgsamlingen samt amatørteaterforeningen KLIMA lokaler på Pederstrupgård. I mange år kunne man derfor opleve både pilespidser og stenalderøkser, Niels Friborgs private samling af landbrugsredskaber og håndværktøj samt se KLIMA opføre teater i Skolestuen. I dag er Pederstrupgård en del af Ballerup Museum.

Erindring

Karl Skov boede som barn i 1920erne på Pederstrupgård. Familien var flyttet til Pederstrup fra en gård ved Skjern i Jylland:
"Langt ude på den jyske hede, hvor vi kom fra, var der næsten 2 km til den nærmeste nabo, og her i landsbyen boede vi bogstavelig talt op ad hinanden. De 6 gårde lå alle indenfor synsvidde med de små huse strøet ind imellem, og stod man ved kostalden ved 5-tiden om morgenen, kunne man høre, hvorledes der efterhånden kom liv i staldene rundt om på gårdene.”